La fermentation secondaire prend la suite de la primaire. Souvent la bière est transférée entre les deux, ce qui permet d’éliminer le résidu qui a pu se déposer en fond de cuve (levures mortes, restes de houblon, protéines…).
Pour les bières de fermentation haute, il est commun de faire la fermentation secondaire à une température légèrement plus basse. Le froid aide la bière à s’affiner en endormant les levures et en favorisant la décantation. Il est également courant de faire un coup de froid intense en toute fin de fermentation secondaire.
Sur les bières très fortes et/ou très complexes on peut décider de faire une fermentation secondaire très longue afin que les saveurs se fondent. On parle alors de garde.
